PandoCit Citations Pandoc dans Obsidian panneau latéral · bibliographie WASM · intégration Zotero

_{Développé par l'Atelier — fabrication de livres et outils de recherche (EHESS)}

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📸 Aperçu

Liste des références	Bibliothèque

📖 À propos

Affiche dans le panneau latéral une liste de références formatée pour chaque clé de citation Pandoc ([@clef]) présente dans la note active.

⬇️ Installation via BRAT (1 clic)

ID du plugin (catalogue Obsidian) : pandocit — le dossier dans .obsidian/plugins/ doit s’appeler pandocit (sans le mot obsidian dans l’ID, conformément aux règles du manifest). Si vous migrez depuis obsidian-pandoc-reference-list, renommez le dossier ou réinstallez, puis copiez data.json et pandoc.wasm.

1. 🔌 Installer BRAT : Obsidian — BRAT
2. ➕ Ajouter ce dépôt avec l’option « Add Beta plugin » :
   https://github.com/Atelier-Recherche/pandocit

💡 Nos plugins peuvent être en attente de validation sur le catalogue Obsidian ; BRAT permet de les tester dès maintenant. Voir aussi 🌐 l’Atelier.

⚙️ Fonctionnement

• 🦀 Le plugin utilise Pandoc 3.9 en WebAssembly (pandoc.wasm) pour convertir les fichiers de bibliographie (BibTeX, etc.) en CSL JSON. Aucune installation de Pandoc sur le système n’est nécessaire.
• 📱 Compatible Obsidian bureau (Windows, macOS, Linux) et mobile (Android, iOS) : le même plugin fonctionne sur ordinateur, téléphone et tablette.

🔧 Configuration

1. 📚 Bibliographie
   Indiquez le chemin vers votre fichier de bibliographie (compatible Pandoc : .bib, .json CSL, etc.).

   • 🖥️ Sur bureau : bouton de sélection ou chemin absolu / relatif au coffre.
   • 📱 Sur mobile : chemin relatif au coffre (ex. refs/bibliographie.bib). La boîte « ouvrir un fichier » n’est disponible que sur bureau.

2. 🎨 Style de citation (CSL) (optionnel)
   Liste intégrée ou fichier .csl (chemin ou URL), éventuellement surchargé par le frontmatter (bibliography, csl, lang, etc.).

3. 📋 Panneau des références
   Palette de commandes : « PandoCit : Show reference list » (libellé selon la langue Obsidian).

4. 🌐 Langue du plugin (optionnel)
   Dans les réglages du plugin : langue des libellés (paramètres, notices, panneau latéral).

📚 Zotero (optionnel)

🔗 Better BibTeX / flux local

L’intégration Better BibTeX et le réseau local convient surtout à Obsidian bureau. Sur mobile, préférez une bibliographie fichier dans le coffre.

☁️ Zotero Web API

Une fois activée dans les réglages :

• 🔑 Clé API et bibliothèque personnelle ou de groupe (ID numérique).
• 👥 Fusion de bibliothèques de groupe : IDs de groupes + Charger les groupes ou noms d’affichage personnalisés (une ligne par ID + libellé).
• 🔄 Synchronisation bidirectionnelle (modèle Zotero API).
• 📤 Export BibTeX optionnel vers un .bib dans le coffre (Pandoc, LaTeX, Typst).

Les données sont stockées en JSON dans le dossier du plugin ; aucun Node local Zotero n’est requis — usage hors ligne possible après synchro.

🌳 Panneau « Bibliothèque »

Commande : « Open library panel » / « Ouvrir le panneau bibliothèque ».

Vue arborescente (collections, éléments sans classe, pièces isolées, corbeille). Filtre, édition des notices (notes HTML Zotero), pièces jointes PDF / fichiers sur la ligne.

• ▸ Sous-arbre replié par défaut : icône chevron dans la bande des pièces jointes pour afficher / masquer les enfants.
• 🏷️ Badges de type (livre, article…) selon la langue d’interface du plugin.

Commande « Sync Zotero library (Web API) » pour actualiser après la première synchro.

📥 Import d’un dossier PDF vers Zotero

Commande « Importer un dossier PDF vers Zotero » (panneau bibliothèque ou palette) : scan récursif d’un dossier du coffre, détection des doublons, clés de citation suggérées (auteur + année + initiales du titre), collections « longs » / « courts » PDF, pièce jointe liée au coffre ou téléversée. Réglages : dossier par défaut, motifs d’exclusion, regex sur les noms de fichiers.

📄 Lecteur PDF intégré

• Ouverture des PDF via le coffre dans le lecteur Obsidian natif.
• Surlignage dans le PDF et/ou Zotero (API Web), avec styles mémorisés et menu contextuel.
• Panneau annotations : liste unifiée (PDF, Zotero), copie de référence Pandoc (> texte, lien Obsidian, [@citekey]).
• Synchronisation des surlignages avec les pièces jointes Zotero liées au fichier du coffre.

📗 Lecteur EPUB intégré

• Lecteur foliate-js dans Obsidian (navigation, surlignage local).
• Fichier sidecar d’annotations à côté de l’EPUB.
• Début de liaison Zotero (lecture / envoi d’annotations si pièce jointe EPUB reconnue) — voir roadmap ci-dessous.

📝 Hypothesis (optionnel)

Token API et groupe dans les réglages. Import des annotations Hypothesis vers le panneau document (EPUB) ; export des annotations locales vers Hypothesis. Interface masquée si non configuré.

🗺️ Roadmap (synthèse)

État actuel : citations Pandoc + Zotero API + PDF sont les plus matures ; EPUB et Hypothesis ont une base fonctionnelle à affiner.

EPUB — détail

• Lecteur foliate, sidecar, toolbar de base
• Lecture annotations Zotero existantes ; envoi highlight vers Zotero (API)
• Édition / affichage des notes Zotero liées à l’EPUB
• Surlignage fluide avec synchro bidirectionnelle fiable
• Intégration complète au panneau « Annotations du document »
• Tests sur gros fichiers et mobile

Hypothesis — détail

• Token + groupe ; import API search ; export POST
• Tests systématiques (PDF annoté dans le navigateur, EPUB, URIs multiples)
• Robustesse réseau et quotas API
• Harmonisation avec le flux Zotero (éviter doublons, choix de source)

Autres idées

• Insertion de citation (commande palette) : recherche élégante sur la bibliographie déjà chargée (titre, auteur, clé), aperçu formaté citeproc, choix du format d’insertion ([@clef], note inline ^[…], etc.) — sans exiger Zotero installé ; le flux BBT/CAYW reste un raccourci optionnel pour qui l’utilise déjà, pas une dépendance du plugin.
• Renommage de clé de citation : modifier une citekey (import PDF, bibliothèque Zotero, notice) et proposer de mettre à jour toutes les occurrences dans le coffre ([@ancienne], @ancienne, liens [[@…]], notes de bas de page, etc.) avec aperçu des fichiers touchés avant validation.
• Recherche globale dans les annotations (tous documents ouverts récemment).
• Export groupé des références d’une session de lecture.
• Rappel de synchronisation Zotero avant export .bib.
• Support Typst / modèles de notes de lecture depuis les annotations.

Les cases cochées reflètent l’état du dépôt à la date de la doc ; la roadmap peut évoluer sur GitHub Issues.

💻 Développement et build

Prérequis : Node.js et Yarn.

yarn install
yarn build

En CI / release, yarn install utilise --ignore-scripts et un cache Yarn local au runner (évite les corruptions du cache global ~/.cache/yarn).

Le build produit notamment :

• main.js (bundle ; non versionné — fourni par les releases GitHub)
• manifest.json, styles.css
• pdf.worker.min.mjs, foliate-view.mjs (optionnels dans le coffre ; worker embarqué dans main.js, lecteur EPUB téléchargeable depuis les réglages)
• pdf-assets/, foliate/ (générés au build, non versionnés ; foliate/ sert au bundle foliate-view.mjs)

Déploiement local (Windows) :

.\Deploy-LocalPlugin.ps1

Copie main.js, manifest.json, styles.css, pdf.worker.min.mjs et foliate-view.mjs vers le dossier plugin Obsidian (préserve data.json et pandoc.wasm).

Release : .\Release-Plugin.ps1 incrémente la version, build, commit, tag et push ; la workflow release publie uniquement main.js, manifest.json et styles.css (exigence du catalogue Obsidian). Le worker PDF est inclus dans main.js ; un téléchargement optionnel de pdf.worker.min.mjs est proposé dans les réglages du plugin (comme pour pandoc.wasm).

Dans le coffre, installez aussi pandoc.wasm via les réglages du plugin (obligatoire pour les bibliographies non-JSON).

⚠️ Limitations connues (WASM)

Pandoc WASM tourne dans un bac à sable : pas d’accès réseau arbitraire ni d’exécution de commandes système. Ce plugin n’utilise que la conversion bibliographie → CSL JSON.

🔗 Ressources